Software

Um Forschungsprozesse effektiver, transparenter und reproduzierbar zu gestalten, haben mehrere Forschungsgruppen des FLI Software-Tools entwickelt. Nachfolgend ein Überblick:

FRAMA

FRAMA verwendet externe und neu entwickelte Softwarekomponenten, um gängige Nachbearbeitungsaufgaben in der Transkriptom-Assemblierung zu erledigen. Diese Aufgaben umfassen die Zuweisung von Gensymbolen, die Verbindung von Transkripten, die Fusionserkennung sowie die Identifizierung von CDS- und mRNA-Grenzen.

Veröffentlicht in BMC Genomics (2016).

FRAMA ist kostenlos für den akademischen und gemeinnützigen Gebrauch. Für die kommerzielle Nutzung wenden Sie sich bitte per Mail an koordinator@~@leibniz-fli.de.

KILAPE

KILAPE steht für K-Masking and Iterative Local Assemby of Paired Ends und ermöglicht ein automatisches Verbinden von benachbarten Sequenzfragmenten und Schließen von Lücken in de novo Genom-Assemblierungen.

KILAPE ist schnell, hoch skalierbar und kann für große und komplexe Genome auf gebräuchlicher Hardware implementiert werden.

KILAPE ist kostenlos für den akademischen und gemeinnützigen Gebrauch. Für die kommerzielle Nutzung wenden Sie sich bitte per Mail an koordinator@~@leibniz-fli.de.

PosiGene

Programm zur Suche nach positiv selektierten Genen im genomweiten Maßstab auf Grundlage von Sequenzvergleichen zwischen Arten und codonbasierten Methoden.
Download und ergänzende Daten: http://genome.leibniz-fli.de/software/PosiGene/

RepARK

RepARK steht für Repetitive motif detection by Assembly of Repetitive K-mers. RepARK ist ein Perl-Skript, das eine Bibliothek von Repeats (Sequenzwiederholungen) auf Basis von kurzen Whole-Genome-Shotgun-Reads unter Verwendung von Jellyfish und Velvet bzw. CLC erstellt.

Veröffentlicht in Nucleic Acids Res (2014).

RepARK ist kostenlos für den akademischen und gemeinnützigen Gebrauch. Für die kommerzielle Nutzung wenden Sie sich bitte per Mail an koordinator@~@leibniz-fli.de