[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
Genomik in N. furzeri,
Epigenetik des Alterns,
Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2018

The Definition of Open Reading Frame Revisited.
Sieber P, Platzer M, Schuster S
Trends Genet 2018, 34(3), 167-70
Generation and characterization of telomerase (tert) mutants in Nothobranchius furzeri.
Singer P
Dissertation 2018, Jena, Germany
The microRNA miR-21 Is a Mediator of FGF8 Action on Cortical COUP-TFI Translation.
Terrigno M, Bertacchi M, Pandolfini L, Baumgart M, Calvello M, Cellerino A, Studer M, Cremisi F
Stem Cell Reports 2018, 11(3), 756-69
Corrigendum: Regulation of microRNA expression in the neuronal stem cell niches during aging of the short-lived annual fish Nothobranchius furzeri.
Terzibasi Tozzini E, Savino A, Ripa R, Battistoni G, Baumgart M, Cellerino A
Front Cell Neurosci 2018, 12, 227 Erratum for Front Cell Neurosci 2014 volume 8 page 51
Rapidly evolving changes and gene loss associated with host switching in Corynebacterium pseudotuberculosis.
Viana MVC, Sahm A, Góes Neto A, Figueiredo HCP, Wattam AR, Azevedo V
PLoS One 2018, 13(11), e0207304
Limited scope for reproductive senescence in wild populations of a short-lived fish.
Vrtílek M, Žák J, Blažek R, Polačik M, Cellerino A, Reichard M
Naturwissenschaften 2018, 105(11-12), 68

2017

Tissue-, sex- and age-specific DNA methylation of rat glucocorticoid receptor gene promoter and insulin like growth factor 2 imprinting control region.
Agba OB, Lausser L, Huse K, Bergmeier C, Jahn N, Groth M, Bens M, Sahm A, Gall M, Witte OW, Kestler HA, Schwab M, Platzer M
Physiol Genomics 2017, 49(11), 690-702 APSselect for distinction in scholarship in the Physiological Genomics
Mutations in NOTCH1 PEST domain orchestrate CCL19-driven homing of chronic lymphocytic leukemia cells by modulating the tumor suppressor gene DUSP22.
Arruga F, Gizdic B, Bologna C, Cignetto S, Buonincontri R, Serra S, Vaisitti T, Gizzi K, Vitale N, Garaffo G, Mereu E, Diop F, Neri F, Incarnato D, Coscia M, Allan J, Piva R, Oliviero S, Furman RR, Rossi D, Gaidano G, Deaglio S
Leukemia 2017, 31(9), 1882-93 published during change of institution
PD-L1 up-regulation in melanoma increases disease aggressiveness and is mediated through miR-17-5p.
Audrito V, Serra S, Stingi A, Orso F, Gaudino F, Bologna C, Neri F, Garaffo G, Nassini R, Baroni G, Rulli E, Massi D, Oliviero S, Piva R, Taverna D, Mandalà M, Deaglio S
Oncotarget 2017, 8(9), 15894-911 published during change of institution
A miRNA catalogue and ncRNA annotation of the short-living fish Nothobranchius furzeri.
Baumgart* M, Barth* E, Savino A, Groth M, Koch P, Petzold A, Arisi I, Platzer M, Marz* M, Cellerino* A
BMC Genomics 2017, 18(1), 693 * equal contribution