[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
Genomik in N. furzeri,
Epigenetik des Alterns,
Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2021

The economical lifestyle of CPR bacteria in groundwater allows little preference for environmental drivers.
Chaudhari NM, Overholt WA, Figueroa-Gonzalez PA, Taubert M, Bornemann TLV, Probst AJ, Hölzer M, Marz M, Küsel K
Environ Microbiome 2021, 16(1), 24
EpiDope: A Deep Neural Network for linear B-cell epitope prediction.
Collatz M, Mock F, Barth E, Hölzer M, Sachse K, Marz M
Bioinformatics 2021, 37(4), 448-55
Iron Oxide Nanoparticles Carrying 5-Fluorouracil in Combination with Magnetic Hyperthermia Induce Thrombogenic Collagen Fibers, Cellular Stress, and Immune Responses in Heterotopic Human Colon Cancer in Mice.
Dabaghi M, Rasa SMM, Cirri E, Ori A, Neri F, Quaas R, Hilger I
Pharmaceutics 2021, 13(10)
Anti-Proliferative and Apoptotic Effect of Gemini Curcumin in p53-Wild Type and p53-Mutant Colorectal Cancer Cell Lines.
Ebrahimi M, Babaei E, Neri F, Ali Hosseinpour Feizi M
Int J Pharm 2021, 601, 120592
Establishment of a fluorescent reporter of RNA-polymerase II activity to identify dormant cells
Freter R, Falletta P, Omrani O, Rasa M, Herbert K, Annunziata F, Minetti A, Krepelova A, Adam L, Käppel S, Rüdiger T, Wang ZQ, Goding** CR, Neri** F
Nat Commun 2021, 12(1), 3318 ** co-corresponding authors
ITN-VIROINF: Understanding (Harmful) Virus-Host Interactions by Linking Virology and Bioinformatics.
Goettsch W, Beerenwinkel** N, Deng** L, Dölken** L, Dutilh** BE, Erhard** F, Kaderali** L, von Kleist** M, Marquet R, Matthijnssens** J, McCallin S, McMahon** D, Rattei T, Van Rij** RP, Robertson** DL, Schwemmle** M, Stern-Ginossar N, Marz** M
Viruses 2021, 13(5) ** co-corresponding authors
RNA:DNA triple helices: from peculiar structures to pervasive chromatin regulators.
Greifenstein* AA, Jo* S, Bierhoff H
Essays Biochem 2021, 65(4), 731-40 * equal contribution
Regeneration in starved planarians depends on TRiC/CCT subunits modulating the unfolded protein response.
Gutiérrez-Gutiérrez* Ó, Felix* DA, Salvetti A, Amro EM, Thems A, Pietsch S, Koeberle A, Rudolph KL, González-Estévez C
EMBO Rep 2021, 22(8), e52905 * equal contribution
Alternative Animal Models of Aging Research
Holtze S, Gorshkova E, Braude S, Cellerino A, Dammann P, Hildebrandt TB, Hoeflich A, Hoffmann S, Koch P, Terzibasi Tozzini E, Skulachev M, Skulachev VP, Sahm A
Front Mol Biosci 2021, 8, doi: 10.3389/fmolb.2021.660959.
PoSeiDon: a Nextflow pipeline for the detection of evolutionary recombination events and positive selection.
Hölzer M, Marz M
Bioinformatics 2021, 37(7), 1018-20