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[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2021

  • PoSeiDon: a Nextflow pipeline for the detection of evolutionary recombination events and positive selection.
    Hölzer M, Marz M
    Bioinformatics 2021, 37(7), 1018-20
  • Low-Input Whole-Genome Bisulfite Sequencing.
    Krepelova A, Neri F
    Methods Mol Biol 2021, 2351, 353-68
  • Generating a transparent vertebrate model for in vivo applications in aging research
    Krug J
    Dissertation 2021, Jena, Germany
  • Systems Analysis Reveals Ageing-Related Perturbations in Retinoids and Sex Hormones in Alzheimer's and Parkinson's Diseases.
    Lam S, Hartmann N, Benfeitas R, Zhang C, Arif M, Turkez H, Uhlén M, Englert C, Knight R, Mardinoglu A
    Biomedicines 2021, 9(10)
  • Characterization of an in vitro 3D intestinal organoid model by using massive RNAseq-based transcriptome profiling.
    Lu J, Krepelova A, Rasa SMM, Annunziata F, Husak O, Adam L, Nunna S, Neri F
    Sci Rep 2021, 11(1), 16668
  • Mechanistic insights into p53-regulated cytotoxicity of combined entinostat and irinotecan against colorectal cancer cells.
    Marx C, Sonnemann J, Beyer M, Maddocks ODK, Lilla S, Hauzenberger I, Piée-Staffa A, Siniuk K, Nunna S, Marx-Blümel L, Westermann M, Wagner T, Meyer FB, Thierbach R, Mullins CS, Kdimati S, Linnebacher M, Neri F, Heinzel T, Wang ZQ, Krämer OH
    MOL ONCOL 2021, 15(12), 3404-29
  • A Novel Splice Variant of the Inhibitor of Growth 3 Lacks the Plant Homeodomain and Regulates Epithelial-Mesenchymal Transition in Prostate Cancer Cells.
    Melekhova A, Leeder M, Pungsrinont T, Schmäche T, Kallenbach J, Ehsani M, Mirzakhani K, Rasa SMM, Neri F, Baniahmad A
    Biomolecules 2021, 11(8)
  • VIDHOP, viral host prediction with Deep Learning.
    Mock F, Viehweger A, Barth E, Marz M
    Bioinformatics 2021, 37(3), 318-25
  • Rates of primary production in groundwater rival those in oligotrophic marine systems
    Overholt WA, Trumbore S, Xu X, Bornemann TLV, Probst AJ, Krüger M, Herrmann M, Thamdrup B, Bristow L, Taubert M, Schwab VF, Hölzer M, Marz M, Küsel K
    bioRxiv 2021, https://doi.org/10.1101/2021.10.
  • Characterization of the transcriptome, the epigenome, and the microbiome during aging : dietary restriction ameliorates inflammaging
    Rasa SMM
    Dissertation 2021, Jena, Germany