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[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2021

  • Establishment of a fluorescent reporter of RNA-polymerase II activity to identify dormant cells
    Freter R, Falletta P, Omrani O, Rasa M, Herbert K, Annunziata F, Minetti A, Krepelova A, Adam L, Käppel S, Rüdiger T, Wang ZQ, Goding** CR, Neri** F
    Nat Commun 2021, 12(1), 3318 ** co-corresponding authors
  • ITN-VIROINF: Understanding (Harmful) Virus-Host Interactions by Linking Virology and Bioinformatics.
    Goettsch W, Beerenwinkel** N, Deng** L, Dölken** L, Dutilh** BE, Erhard** F, Kaderali** L, von Kleist** M, Marquet R, Matthijnssens** J, McCallin S, McMahon** D, Rattei T, Van Rij** RP, Robertson** DL, Schwemmle** M, Stern-Ginossar N, Marz** M
    Viruses 2021, 13(5) ** co-corresponding authors
  • RNA:DNA triple helices: from peculiar structures to pervasive chromatin regulators.
    Greifenstein* AA, Jo* S, Bierhoff H
    Essays Biochem 2021, 65(4), 731-40 * equal contribution
  • Regeneration in starved planarians depends on TRiC/CCT subunits modulating the unfolded protein response.
    Gutiérrez-Gutiérrez* Ó, Felix* DA, Salvetti A, Amro EM, Thems A, Pietsch S, Koeberle A, Rudolph KL, González-Estévez C
    EMBO Rep 2021, 22(8), e52905 * equal contribution
  • Alternative Animal Models of Aging Research
    Holtze S, Gorshkova E, Braude S, Cellerino A, Dammann P, Hildebrandt TB, Hoeflich A, Hoffmann S, Koch P, Terzibasi Tozzini E, Skulachev M, Skulachev VP, Sahm A
    Front Mol Biosci 2021, 8, doi: 10.3389/fmolb.2021.660959.
  • PoSeiDon: a Nextflow pipeline for the detection of evolutionary recombination events and positive selection.
    Hölzer M, Marz M
    Bioinformatics 2021, 37(7), 1018-20
  • Low-Input Whole-Genome Bisulfite Sequencing.
    Krepelova A, Neri F
    Methods Mol Biol 2021, 2351, 353-68
  • Generating a transparent vertebrate model for in vivo applications in aging research
    Krug J
    Dissertation 2021, Jena, Germany
  • Systems Analysis Reveals Ageing-Related Perturbations in Retinoids and Sex Hormones in Alzheimer's and Parkinson's Diseases.
    Lam S, Hartmann N, Benfeitas R, Zhang C, Arif M, Turkez H, Uhlén M, Englert C, Knight R, Mardinoglu A
    Biomedicines 2021, 9(10), 1310
  • Characterization of an in vitro 3D intestinal organoid model by using massive RNAseq-based transcriptome profiling.
    Lu J, Krepelova A, Rasa SMM, Annunziata F, Husak O, Adam L, Nunna S, Neri F
    Sci Rep 2021, 11(1), 16668