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[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2017

  • Candidate Brocadiales dominates C, N and S cycling in anoxic groundwater of a pristine limestone-fracture aquifer.
    Starke R, Müller M, Gaspar M, Marz M, Küsel K, Totsche KU, von Bergen M, Jehmlich N
    J PROTEOMICS 2017, 152, 153-60
  • Rictor/mTORC2 deficiency enhances keratinocyte stress tolerance via mitohormesis.
    Tassone B, Saoncella S, Neri F, Ala U, Brusa D, Magnuson MA, Provero P, Oliviero S, Riganti C, Calautti E
    Cell Death Differ 2017, 24(4), 731-46 published during change of institution
  • Nucleosome Positioning Assay
    Zhao Z, Bierhoff H
    Bio-protocol 2017, 7(10), e2285

2016

  • The Evolution of COP9 Signalosome in Unicellular and Multicellular Organisms.
    Barth E, Hübler R, Baniahmad** A, Marz** M
    Genome Biol Evol 2016, 8(4), 1279-89 ** co-corresponding authors
  • Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) Protocol for Podocyte Isolation in Adult Zebrafish.
    Bates TJD, Naumann U, Englert C
    In: The Wilms' Tumor (WT1) Gene, Methods and Protocols (edited by Nicholas Hastie), Methods in Molecular Biology 2016, 133-6, Springer New York, New Yo
  • Longitudinal RNA-Seq Analysis of Vertebrate Aging Identifies Mitochondrial Complex I as a Small-Molecule-Sensitive Modifier of Lifespan.
    Baumgart* M, Priebe* S, Groth* M, Hartmann* N, Menzel U, Pandolfini L, Koch P, Felder M, Ristow M, Englert C, Guthke R, Platzer M, Cellerino A
    Cell Syst 2016, 2(2), 122-32 * equal contribution
  • Multiplex sequencing of bacterial artificial chromosomes for assembling complex plant genomes.
    Beier S, Himmelbach A, Schmutzer T, Felder M, Taudien S, Mayer KFX, Platzer M, Stein N, Scholz U, Mascher M
    Plant Biotechnol J 2016, 14(7), 1511-22
  • FRAMA: from RNA-seq data to annotated mRNA assemblies.
    Bens M, Sahm A, Groth M, Jahn N, Morhart M, Holtze S, Hildebrandt TB, Platzer M, Szafranski K
    BMC Genomics 2016, 17(1), 54
  • From the bush to the bench: the annual Nothobranchius fishes as a new model system in biology.
    Cellerino A, Valenzano DR, Reichard M
    Biol Rev Camb Philos Soc 2016, 91(2), 511-33
  • Neurotrophin-4 in the brain of adult Nothobranchius furzeri.
    D'Angelo L, Avallone L, Cellerino A, de Girolamo P, Paolucci M, Varricchio E, Lucini C
    Ann Anat 2016, 207, 47-54