[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
Genomik in N. furzeri,
Epigenetik des Alterns,
Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2019

Cohesin-mediated NF-κB signaling limits hematopoietic stem cell self-renewal in aging and inflammation.
Chen Z, Amro EM, Becker F, Hölzer M, Rasa SMM, Njeru SN, Han B, Di Sanzo S, Chen Y, Tang D, Tao S, Haenold R, Groth M, Romanov VS, Kirkpatrick JM, Kraus JM, Kestler HA, Marz M, Ori A, Neri F, Morita** Y, Rudolph** KL
J Exp Med 2019, 216(1), 152-75 ** co-corresponding authors
Comment on 'Naked mole-rat mortality rates defy Gompertzian laws by not increasing with age'.
Dammann* P, Scherag* A, Zak N, Szafranski K, Holtze S, Begall S, Burda H, Kestler HA, Hildebrandt T, Platzer M
Elife 2019, 8 * corresponding author
SilentMutations (SIM): a tool for analyzing long-range RNA-RNA interactions in viral genomes and structured RNAs.
Desirò D, Hölzer M, Ibrahim B, Marz M
Virus Res 2019, 260, 135-41
Cell cycle dynamics during diapause entry and exit in an annual killifish revealed by FUCCI technology.
Dolfi L, Ripa R, Antebi A, Valenzano DR, Cellerino A
Evodevo 2019, 10, 29
TFEB controls vascular development by regulating the proliferation of endothelial cells.
Doronzo G, Astanina E, Corà D, Chiabotto G, Comunanza V, Noghero A, Neri F, Puliafito A, Primo L, Spampanato C, Settembre C, Ballabio A, Camussi G, Oliviero S, Bussolino F
EMBO J 2019, 38(3), e98250
A CRISPR Activation Screen Identifies Genes That Protect against Zika Virus Infection.
Dukhovny A, Lamkiewicz K, Chen Q, Fricke M, Jabrane-Ferrat N, Marz M, Jung JU, Sklan EH
J Virol 2019, 93(16), e00211-19
Global importance of RNA secondary structures in protein coding sequences.
Fricke M, Gerst R, Ibrahim B, Niepmann M, Marz M
Bioinformatics 2019, 35(4), 579-83
Zebrafish Wtx is a negative regulator of Wnt signaling but is dispensable for embryonic development and organ homeostasis.
Große A, Perner B, Naumann U, Englert C
Dev Dyn 2019, 248(9), 866-81
De novo transcriptome assembly: A comprehensive cross-species comparison of short-read RNA-Seq assemblers.
Hölzer M, Marz M
Gigascience 2019, 8(5), giz039
Publisher Correction: Transcriptomic alterations during ageing reflect the shift from cancer to degenerative diseases in the elderly.
Irizar PA, Schäuble S, Esser D, Groth M, Frahm C, Priebe S, Baumgart M, Hartmann N, Marthandan S, Menzel U, Müller J, Schmidt S, Ast V, Caliebe A, König R, Krawczak M, Ristow M, Schuster S, Cellerino A, Diekmann S, Englert C, Hemmerich P, Sühnel J, Guthke R, Witte OW, Platzer M, Ruppin E, Kaleta C
Nat Commun 2019, 10(1), 2459