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[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2019

  • TFEB controls vascular development by regulating the proliferation of endothelial cells.
    Doronzo G, Astanina E, Corà D, Chiabotto G, Comunanza V, Noghero A, Neri F, Puliafito A, Primo L, Spampanato C, Settembre C, Ballabio A, Camussi G, Oliviero S, Bussolino F
    EMBO J 2019, 38(3), e98250
  • A CRISPR Activation Screen Identifies Genes That Protect against Zika Virus Infection.
    Dukhovny A, Lamkiewicz K, Chen Q, Fricke M, Jabrane-Ferrat N, Marz M, Jung JU, Sklan EH
    J Virol 2019, 93(16), e00211-19
  • Global importance of RNA secondary structures in protein coding sequences.
    Fricke M, Gerst R, Ibrahim B, Niepmann M, Marz M
    Bioinformatics 2019, 35(4), 579-83
  • Zebrafish Wtx is a negative regulator of Wnt signaling but is dispensable for embryonic development and organ homeostasis.
    Große A, Perner B, Naumann U, Englert C
    Dev Dyn 2019, 248(9), 866-81
  • De novo transcriptome assembly: A comprehensive cross-species comparison of short-read RNA-Seq assemblers.
    Hölzer M, Marz M
    Gigascience 2019, 8(5), giz039
  • Publisher Correction: Transcriptomic alterations during ageing reflect the shift from cancer to degenerative diseases in the elderly.
    Irizar PA, Schäuble S, Esser D, Groth M, Frahm C, Priebe S, Baumgart M, Hartmann N, Marthandan S, Menzel U, Müller J, Schmidt S, Ast V, Caliebe A, König R, Krawczak M, Ristow M, Schuster S, Cellerino A, Diekmann S, Englert C, Hemmerich P, Sühnel J, Guthke R, Witte OW, Platzer M, Ruppin E, Kaleta C
    Nat Commun 2019, 10(1), 2459
  • The nuclear pore proteins Nup88/214 and T-ALL-associated NUP214 fusion proteins regulate Notch signaling.
    Kindermann B, Valkova C, Krämer A, Perner B, Engelmann C, Behrendt L, Kritsch D, Jungnickel B, Kehlenbach RH, Oswald F, Englert C, Kaether C
    J Biol Chem 2019, 294(31), 11741-50
  • IMP dehydrogenase-2 drives aberrant nucleolar activity and promotes tumorigenesis in glioblastoma.
    Kofuji S, Hirayama A, Eberhardt AO, Kawaguchi R, Sugiura Y, Sampetrean O, Ikeda Y, Warren M, Sakamoto N, Kitahara S, Yoshino H, Yamashita D, Sumita K, Wolfe K, Lange L, Ikeda S, Shimada H, Minami N, Malhotra A, Morioka S, Ban Y, Asano M, Flanary VL, Ramkissoon A, Chow LML, Kiyokawa J, Mashimo T, Lucey G, Mareninov S, Ozawa T, Onishi N, Okumura K, Terakawa J, Daikoku T, Wise-Draper T, Majd N, Kofuji K, Sasaki M, Mori M, Kanemura Y, Smith EP, Anastasiou D, Wakimoto H, Holland EC, Yong WH, Horbinski C, Nakano I, DeBerardinis RJ, Bachoo RM, Mischel PS, Yasui W, Suematsu M, Saya H, Soga T, Grummt I, Bierhoff H, Sasaki AT
    Nat Cell Biol 2019, 21(8), 1003-14
  • Identification and Expression of Neurotrophin-6 in the Brain of Nothobranchius furzeri: One More Piece in Neurotrophin Research.
    Leggieri A, Attanasio C, Palladino A, Cellerino A, Lucini C, Paolucci M, Terzibasi Tozzini E, de Girolamo P, D'Angelo L
    J Clin Med 2019, 8(5), 595
  • Age-related central regulation of orexin and NPY in the short lived African killifish Nothobranchius furzeri.
    Montesano* A, Baumgart* M, Avallone L, Castaldo L, Lucini C, Terzibasi Tozzini E, Cellerino** A, D'Angelo** L, de Girolamo** P
    J Comp Neurol 2019, 527(9), 1508-26 * equal contribution, ** co-senior authors